一、主要职责
根据《内蒙古党委办公厅政府办公厅关于印发巴彦淖尔市人民政府机构改革方案的通知》（厅办发（2009）56号）精神和市局机构改革“三定”方案，设立杭锦后旗卫生局为旗政府工作部门。
贯彻执行国家和自治区有关卫生工作方针、政策及法律、法规；配合有关部门拟定全旗卫生改革与发展规划和政策；贯彻国家卫生、食品安全、药品、医疗器械相关法律、法规。
贯彻执行国家基本药物制度，负责建立全旗基本药物制度并组织实施，组织制定全市药物政策措施，会同有关部门提出全旗基本药物目录内药品生产的鼓励扶持政策，提出全旗基本药物价格政策的建议。
承担食品安全综合协调、组织查处食品安全重大事故的责任，贯彻国家、自治区食品安全标准；预警工作；制定并发布重大食品安全信息。
组织实施全旗卫生发展规则，统筹规划与协调全旗卫生资源配置，研究制定社区卫生、农村卫生、妇幼卫生工作发展规划和政策措施；指导初级卫生保健和母婴保健专项技术的实施，负责新型农村合作医疗的管理。
负责全旗疾病预防控制工作，制定实施全旗重大疾病预防控制规划与策略，贯彻国家免疫规划及政策措施；协调有关部门对重大疾病实施防控与干预，发布法定报告传染病疫情信息；负责指导全民健康教育。
组织实施医务人员执业标准、医疗质量标准和服务规范；管理医务人员资格认证和医疗卫生机构从业许可证工作。
拟定卫生应急预案和政策措施，负责突发公共卫生事件监测预警和风险评估；组织调度全旗卫生技术力量，对重大突发疫情、病情实施紧急处置；指导实施突发公共卫生事件预防控制与应急处置，发布突发公共卫生事件应急处置信息。
贯彻国家、自治区扶持和促进中医药事业发展的法律法规，承担并推进中医药的挖掘、整理、继承、发展、研究、创新及保护，促进和推动中医药标准化和现代化建设，起草全旗中医药事业发展的发展规则、管理规范、技术标准及人才培养规划，并纳入全旗卫生事业发展总体规划和战略目标。
指导规范卫生行政执法工作，按照职责分工，负责职业卫生、放射卫生、环境卫生和学校卫生的监督管理；负责公共场所和饮用水的卫生安全监督管理；负责传染病防治监督。
负责全旗医疗机构医疗服务的全行业监督管理；组织实施医疗机构医疗服务、技术、医疗质量和管理的政策、规范、标准，组织制定医疗卫生职业道德规范，建立医疗机构医疗服务评价和监督体系。
组织指导全旗医学科技成果的普及和应用工作；参与制订医学教育发展规划，组织开展继续医学教育工作。
负责组织全旗卫生人才队伍建设工作，组织拟定全旗卫生人才发展规划；会同有关部门制定卫生专业技术人员资格标准并组织实施。
承担旗爱国卫生运动委员会的日常工作。
承担与履行职能相应的责任。
承办旗人民政府交办的其他事项。
二、领导分工
杨占军（局长）:主持卫生局全面工作。
赵继翔(副局长)：协助局长工作，负责医政、新型农村合作医疗、公立医院改革、社区卫生改革、对口支援等工作，分管医政股、合管办，联系旗医院。
刘成云(爱卫办主任、副局长)：协助局长工作，负责常务、基层卫生建设、爱国卫生等工作，分管办公室、财务、信息股。
贺鹏(副局长) ：协助局长工作，负责基本公共卫生服务、疾控、蒙中医、食品安全、卫生应急、科教等工作，分管疾控股、基卫股，联系疾控中心、蒙中医院。
陈志斌(副局长) ：协助局长工作，负责基本药物制度实施、一体化管理、妇幼、法监等工作，分管法监股、基卫股(妇幼），联系妇幼保健院。
韩文强(纪检书记)：协助局长工作，负责纪检、党务、精神文明、统战、综治信访、安全生产、计生、帮扶等工作，联系卫生监督所。
耿淮元(工会主席) ：协助局长工作，分管工会工作。
高键(爱卫办副主任）：协助爱卫办主任分管爱卫工作。
吴永茂（副主任科员）：协助分管局长负责办公室工作。
石培彦：协助赵局长工作。
三、机构设置
（一）办公室
综合协调机关的各项工作，负责综合性文稿的起草、机要、调研、信息、档案、保密、会务安排等行政日常事务工作；对来文提出拟办意见；对局领导批示的事项进行催办、督办，组织搞好局内财务、统计、卫生、福利；对外接待、合作与交流等行政事务工作；负责机构编制、干部、人事管理的业务工作；依法协调组织突发公共卫生事件应急处理工作，制定应急预案；承办救灾反恐、中毒等重大安全事件中涉及公共卫生问题的组织协调工作，以及综治、计生等工作。
（二）医政股
贯彻执行医疗机构准入、医务人员准入、大型医疗设备准入、临床应用技术准入管理，检查指导全旗医疗单位的医疗安全工作，妥善处理医疗事故，组织参与重大灾害的医疗急救工作；做好《医疗机构管理条例》贯彻落实工作，指导医院药事，临床重点专科建设，医院感染控制，医疗急救体系建设等工作；组织协调城市医疗支援农村工作。
贯彻执行党和国家的中蒙医药方针政策和法律法规；拟定医改中有关中蒙医药改革的政策措施，实施全旗中蒙医，中蒙西医结合事业发展规划，严格执行服务标准；监督中蒙医疗机构的服务质量；促进中蒙医人才培养，中蒙医继续教育。
（三）基卫股
负责妇幼卫生、社区卫生、乡镇卫生院公共卫生、健康教育工作，起草有关法规草案、政策、规划、规范并组织实施；负责农村基本卫生保健工作综合管理与评估，拟订农村基本卫生保健规划并组织实施；收集、分析农民健康状况信息，检查评价农村重要卫生政策实施落实情况；承担督导、检查、统计、调研和综合分析；依法对妇幼保健和生殖健康专项技术实施监督管理；参与拟订并实施妇幼卫生专项技术标准，牵头组织预防和减少出生缺陷与先天残疾工作；制定妇幼保健、社区卫生、健康教育机构的建设、人员岗位、技术服务和信息系统规范并组织实施。做好妇幼的卫生保健规划的实施。贯彻执行国家基本药物制度，贯彻国家药物政策，参与研究与实施基本药物采购、配送、使用的政策措施
（四）卫生法制与医疗服务监管股
贯彻执行国家及自治区有关卫生方面的法律、法规、规章、技术、规范、标准，并监督执行；负责卫生执法监督和卫生行政复议工作；监督管理传染病防治和食品、职业、环境、放射、学校卫生；负责医疗机构医疗服务监管工作，建立医疗质量评价体系，建立医疗质量安全监管制度，组织开展医疗质量安全服务等方面的监管工作，组织实施城市医疗职员农村工作，承办医疗科技，卫生“三下乡”协调组织工作。
（五）疾控股
实施传染病、地方病、慢性病非传染病及与公共卫生相关疾病的防治规划和措施，配合上级业务部门组织对重大传染病、地方病、慢性非传染疾病的综合防治，组织调度全旗卫生技术力量，对重大突发疫情、病情实施紧急处理，防治和控制疫情疾病的发生和蔓延。协调爱卫办做好爱国卫生工作，统筹协调健康教育工作。
（六）信息股
负责卫生信息化建设工作。
新型农村合作医疗管理办公室已单设
